El doctor Kenzo Tenma es un prometedor neurocirujano japonés que ejerce en el Eisler Memorial Hospital de Dusseldorf. Lo tiene todo en la vida; un trabajo que le apasiona y en el que demuestra una habilidad increíble, y una novia rica y guapa. Sin embargo, un día decide ignorar una orden de su superior y salva a un niño desconocido en lugar de la vida del alcalde de la ciudad. Como consecuencia de esto pierde su privilegiado trabajo y a su novia. Poco después, los médicos que lo destituyeron aparecen muertos y él se convierte en principal sospechoso. Tenna está dispuesto a llegar hasta el fondo de éstas y otras muertes e investigar la verdad sobre el monstruo que hay detrás de todo el asunto.

En el año 2071, la humanidad ha colonizado varios de los planetas y lunas del sistema solar dejando atrás la superficie ahora inhabitable del planeta Tierra. La Policía del Sistema Inter Solar intenta mantener la paz en la galaxia, ayudado en parte por los cazadores de recompensas prohibidos, conocidos como "Cowboys". El equipo ragtag a bordo de la nave espacial Bebop son dos de esos individuos.Más suave y despreocupado Spike Spiegel es equilibrado por su bullicioso y pragmático compañero Jet Black mientras la pareja se gana la vida persiguiendo recompensas y recogiendo recompensas.