La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...

La serie se centra en torno a Uzumaki Naruto, un joven ninja de la aldea oculta de Konoha, del País del Fuego. Naruto es un chico travieso al que le gusta llamar la atención, haciendo que el maestro Iruka se enfade. Y debido a esto, no parece que sea capaz de graduarse en la escuela de ninjas. Pero Naruto tiene un sueño... convertirse en el jefe de la aldea de ninjas donde vive y así ser el siguiente Hokage, y por consiguiente ser reconocido como el mejor ninja.