La historia transcurre en un mundo de gente principalmente asiática (el estilo de vida en la serie se basa en la primera mitad del siglo XIX), donde predominan las artes marciales y la manipulación de los elementos en combinación con el misticismo oriental, dando seguimiento a las aventuras de Aang, el más reciente sucesor de una larga línea de avatares, y sus amigos en un intento por salvar su místico mundo de la despiadada Nación del Fuego que busca conquistar a las demás naciones. Durante sus travesías son acechados insistentemente por el desterrado príncipe del fuego Zuko, cuyo objetivo es capturar al avatar para recuperar su honor. Esta serie es presentada como si se tratara de una serie de libros, en donde cada episodio actúa como un «capítulo», y cada temporada como un solo «libro», los cuales se titulan por el elemento temático de la temporada.

La historia se centra en los hermanos Edward y Alphonse Elric, quienes viven en un pequeño pueblo de un país ficticio llamado Amestris. Su padre, Hohenheim, se había marchado de su casa cuando aún eran pequeños y años más tarde su madre, Trisha Elric, muere por una enfermedad terminal, dejando a los hermanos Elric solos. Después de la muerte de su madre, Edward decide resucitarla a través de la alquimia, una de las técnicas científicas más avanzadas conocidas por el hombre. Sin embargo, el intento resulta fallido y como consecuencia Edward pierde su pierna izquierda, y Alphonse su cuerpo. En un esfuerzo por salvar a su hermano, Edward sacrifica su brazo derecho para sellar el alma de Alphonse en una armadura. Tras esto, un alquimista llamado Roy Mustang visita a los hermanos Elric y le propone a Edward convertirse en un miembro de las Fuerzas Armadas del Estado y así encontrar una forma de recuperar sus cuerpos.

Durante más de 100 años, los magníficos ejércitos de Chuder y los de la región central han luchado en sangrientas batallas. Tan sólo la impenetrable fortaleza Doldery mantiene al Imperio de Chuder a salvo de todas las guerras que les rodean. La banda de los Halcones han tomado posiciones en la gran ofensiva. En esta batalla, las tropas de la región central podrán llegar hasta las puertas de la legendaria fortaleza de Chuder y desafiar al ejército invencible del General Boscongn.