La historia de Guilty Crown empieza en el 2029 cuando el virus extraterrestre llamado Apocalipsis se extiende y hunde Japón en un estado de caos conocido como Lost Christmas (La Navidad Perdida). Después de la tragedia una organización internacional conocida como GHQ (Cuartel General) interviene aplicando la ley marcial y restaura el orden a Japón a costa de su independencia. Diez años después en 2039, Shu Ouma un joven de instituto de 17 años, conoce a Inori Yuzuriha, la vocalista de Egoist, un popular grupo, mientras visitaba uno de sus sitios favoritos de camino a casa. En este encuentro, Shu descubre que Inori es miembro de los Undertakers, un grupo de resistencia cuyo objetivo es liberar a Japón del GHQ. Shu empieza a tomar parte en las acciones de los Undertakers cuando obtiene accidentalmente El poder del Rey. Esta "marca" le otorga el poder de materializar el corazón de las personas en armas y utilizarlas a voluntad.