Mato Kuroi, una alegre y activa chica, llega a su primer día de instituto, y una joven le llama la atención. Se trata de Yomi Takanashi, una chica madura que va a su misma clase. Ambas entablan amistad, una amistad que se irá fortaleciendo a través del tiempo. Tras su llegada a segundo año de instituto son separadas y empiezan a distanciarse. Mientras tanto en algún lugar dos chicas se enfrentan entre ellas, una llevando una enorme arma de fuego de alto calibre (Black Rock Shooter) y la otra llevando una guadaña negra (Dead Master), ambas guardan un parecido considerable con las jóvenes Yomi y Mato.