La historia gira en torno a Yui Kusanagi, una chica a la que Zeus −dios y director de la escuela que ha creado− escoge para que enseñe el valor del amor a un buen puñado de dioses. El motivo de Zeus para hacer esto es cancelar los efectos negativos del cada vez más debilitado lazo entre el mundo divino y el mundo de los humanos. Para que los dioses no se nieguen, Zeus los priva de sus poderes y solo podrán recuperarlos al graduarse.