Hanyou no Yashahime sigue la historia de las hijas de Sesshomaru e Inuyasha en un viaje que trascenderá el tiempo. En la era feudal, las gemelas medio demonio Towa y Setsuna se separan tras un incendio forestal. Mientras busca desesperadamente a su hermana menor, Towa acaba entrando en un misterioso tunel temporal que la envía al Japón de la era actual, donde se encuentra con Sora, hermano de Kagome Higurashi, quien la acoge en su familia. Diez años más tarde el túnel que conecta ambas eras vuelve a abrirse, permitiendo que Towa y Setsuna se reúnan finalmente, aunque Setsuna es ahora una cazadora de demonios que trabaja para Kohaku. Para sorpresa de Towa, parece que Setsuna ha olvidado por completo a su hermana mayor. Tras unirse a ellas Moroha, hija de Inuyasha y Kagome, las tres jóvenes viajarán entre ambas eras para intentar recuperar los recuerdos perdidos de Setsuna.